Фамилия Шепотын — редкая и с прозрачной, на первый взгляд, основой. В её центре лежит глагол «шептать», но вот с суффиксом и историей образования всё не так однозначно, как кажется.

Сразу бросается в глаза окончание -ын. В русских фамилиях оно обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Шепотын, то есть сын Шепоты. Такой формат типичен для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Но если бы основа была «Шепот», мы бы получили фамилию Шепотов. Здесь же — Шепотын, что заставляет искать исходную форму «Шепота» или «Шепотя».

Самая логичная версия: прозвище Шепота дали человеку с тихим, неразборчивым голосом, который говорил почти шёпотом. В русских говорах слово «шепотя» могло означать не только того, кто шепчет, но и в переносном смысле — скрытного, недоверчивого человека. Фамилия, скорее всего, закрепилась на южнорусских или украинских территориях, где суффикс -ын встречается чаще, чем в северных областях. В украинском языке фамилии на -ин (аналог -ын) широко распространены, и Шепотын мог возникнуть именно там.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «шепот» в значении «сплетня, наговор». В этом случае прозвище Шепота мог получить сплетник или человек, который распускал слухи. Однако эта гипотеза слабее: прямое указание на манеру речи встречается в прозвищах гораздо чаще, чем метафорическое.

Фамилия не относится к числу дворянских или старых боярских — её основа слишком бытовая и прозрачная. Скорее всего, предки Шепотыных были крестьянами или ремесленниками, а сама фамилия сложилась не раньше XVII–XVIII веков, когда прозвища стали массово переходить в наследственные фамилии. Встречается она крайне редко, и сегодня носителей можно найти в основном на юге России и в восточной Украине.