Фамилия Шепотенко звучит на украинский лад: типичный суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России, где такие фамилии были особенно распространены в XVII–XVIII веках. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», то есть Шепотенко — это буквально «сын Шепота» или «маленький Шепот».

Основа фамилии — прозвище Шепот. В русских и украинских говорах «шепот» могло относиться к человеку с тихим голосом, который говорил едва слышно, или же к тому, кто любил сплетничать и передавать слухи шёпотом. Однако есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых диалектах слово «шепот» имело значение «ропот», «недовольство», и прозвище могли дать человеку ворчливому или постоянно выражающему недовольство вполголоса.

Интересно, что фамилия Шепотенко не имеет прямой связи с названиями профессий или географическими объектами — это чисто прозвищная фамилия, образованная от личной характеристики. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в северных и центральных регионах России, модель на -енко остаётся маркером южного происхождения рода. Встречаются и однокоренные варианты: Шепот, Шепотов, Шепотько — все они восходят к той же основе, но с разными суффиксами.

Документальных упоминаний о дворянском происхождении Шепотенко нет — скорее всего, предки были крестьянами или казаками. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах Полтавской и Черниговской губерний фамилия фиксировалась с XVIII века, что подтверждает её украинские корни.