Фамилия Шекшаев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Шекшаева образована от прозвища Шекшай. Скорее всего, оно имеет чувашское происхождение и состоит из слов «шеке» - «палка» и «шуй» - «улитка». В таком случае прозвище Шекшай мог получить медлительный, боязливый человек. Согласно другой версии, в основе этого прозвища лежит татарское слово «шакшы» - «грязный». В этом случае Шекшаем могли называть неопрятного человека, неряху. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шекшай, со временем получил фамилию Шекшаев. О точном месте и времени возникновения фамилии Шекшаев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шекшаев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.