Фамилия Шекшаева образована от прозвища Шекшай. Скорее всего, оно имеет чувашское происхождение и состоит из слов «шеке» - «палка» и «шуй» - «улитка». В таком случае прозвище Шекшай мог получить медлительный, боязливый человек. Согласно другой версии, в основе этого прозвища лежит татарское слово «шакшы» - «грязный». В этом случае Шекшаем могли называть неопрятного человека, неряху. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шекшай, со временем получил фамилию Шекшаев.