Фамилия Шелагуров — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, географическое прозвище. В отличие от типичных «профессиональных» фамилий, она сразу указывает на место, откуда человек родом или где жил.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (вопрос «чей?») присоединён к основе Шелагур. Это типичная русская патронимическая или вотчинная модель, указывающая на принадлежность главе семьи. Сама основа «Шелагур» — это, с высокой вероятностью, искажённое или диалектное произношение топонима Шелагур. В русском языке так называли, а кое-где и сейчас называют, выходцев из определённой местности. Самый известный топоним — река Шелагур в Иркутской области, приток Ангары. Есть также село Шелагурово (бывшее Шелагур) в Красноярском крае. Таким образом, первый носитель фамилии — Шелагуров — это, по сути, «человек с Шелагура», то есть либо переселенец с берегов этой реки, либо житель одноимённого села.

Вторая, менее вероятная версия, отсылает к личному имени. В основе могло лежать дохристианское прозвище Шелагур, образованное от двух корней: «шело» (ср. «шелопай», «шалый» — несерьёзный, пустой) и «гур» (в некоторых говорах — «гурьба», толпа, или «гурить» — шуметь). В этом случае Шелагур — прозвище непутевого или шумного человека. Однако эта версия слабее, так как не объясняет устойчивой географической привязки фамилии, которая встречается почти исключительно в Сибири и Забайкалье.

Примечательно, что фамилия практически не имеет однокоренных «двойников» (Шелагуров, Шелагурский, Шелагуровский). Это говорит о её локальном происхождении: она не «размножилась» по разным регионам, а закрепилась в узком ареале. Носители фамилии — потомки тех, кто в XVII–XVIII веках осваивал Восточную Сибирь, и их родовая память хранит название места, откуда пошёл род.