Фамилия Шельгорн — редкий случай, когда русская фамилия не просто имеет немецкое звучание, а почти наверняка является прямой калькой или заимствованием из немецкого языка. В отличие от многих «немецких» фамилий, которые на деле оказываются искусственными семинарскими или прибалтийскими, Шельгорн сохраняет прозрачную этимологию: немецкое «Schelhorn» или «Schälhorn». Первая часть восходит к слову «schel» — косой, кривой, или к глаголу «schelen» — косить глаза. Вторая часть — «Horn» — рог. В сумме получаем «кривой рог» или «рог, смотрящий в сторону».

Скорее всего, это не прозвище человека, а топонимическое имя. В Германии и Австрии встречаются географические названия Schelhorn — так могли называть изогнутый горный отрог, излучину реки или участок поля необычной формы. Предок носителя фамилии, вероятно, переселился в Российскую империю из немецких земель (Пруссия, Бавария, Вюртемберг) и получил фамилию по названию места, откуда был родом. Массовый приток немецких колонистов в Россию пришелся на вторую половину XVIII — начало XIX века, особенно при Екатерине II и Александре I.

Фамилия не получила широкого распространения в России. Она встречается в Поволжье (бывшие немецкие колонии), в Оренбургской области, а также в Сибири — там, куда ссылали или переселяли немцев в советское время. Встречаются варианты написания: Шельгорн, Шельхорн, реже Шельгорн-Шельхорн. Русский суффикс -ов к ней не прирос, что косвенно подтверждает её позднее иноязычное происхождение: фамилия вошла в обиход уже в готовом виде, без адаптации через отчество.

Внутри русскоязычной среды фамилия могла переосмысляться по народной этимологии: «шель» (плут, мошенник) + «горн» (печь для обжига). Но это вторичное прочтение, не имеющее отношения к исходному значению. Немецкий корень «schel» не связан с русским «шельма», хотя звуковое совпадение и порождает ложные ассоциации. Настоящий смысл фамилии — географический, ландшафтный, и он указывает на конкретную местность в Центральной Европе.