Фамилия Шелюта — редкий случай, когда географический и языковой следы ведут в разные стороны, а единого мнения о происхождении нет. В основе, скорее всего, лежит прозвище, но какое именно — вопрос открытый.

Самая вероятная версия связывает фамилию с украинским или белорусским диалектным словом «шелюг» (или «шелюга»). В разных говорах так называли небольшую вербу, кустарник, тальник, а также — невысокого, худого человека или озорника. Суффикс -юта (как в фамилиях Костюта, Левчута) в украинской и белорусской традиции имеет уменьшительно-ласкательное или пренебрежительное значение. Таким образом, Шелюта могло быть прозвищем «вербного» человека — по месту жительства у ивняка, или же по внешности — худого, тонкого, как прут. В пользу этой версии говорит и ареал фамилии: она встречается в западных областях Украины, в Беларуси и на юго-западе России, что указывает на западнорусское происхождение.

Есть и другая, менее распространенная версия. Фамилия могла возникнуть от польского слова «szeląg» (шеляг) — название мелкой монеты. В этом случае Шелюта — прозвище человека, имевшего дело с деньгами: менялы, ростовщика или просто бедняка, у которого «ни шеляга за душой». Однако фонетически слово «шеляг» дало бы скорее фамилию Шеляг, Шеляга, а Шелюта — форма более редкая и, вероятно, вторичная.

В польском языке есть и слово «szeluta» — старинное название кожаного кошелька или мешочка. Если принять эту основу, прозвище могло относиться к кожевнику, торговцу или просто к человеку, который носил с собой такой кошель.

Модель образования фамилии — суффиксальная, типичная для украинских и белорусских прозвищных фамилий на -юта. Фамилия недворянская, крестьянская или казацкая. Сословно её носители, скорее всего, принадлежали к свободным или зависимым крестьянам, реже — к мещанам. Встречается она нечасто, и в дореволюционных источниках её носители фиксируются в основном в Волынской, Гродненской и Киевской губерниях.