Фамилия Шемахян — звонкий пример фамилии, образованной не от славянского корня, а от географического названия. Её основа — топоним Шемаха, город на востоке современного Азербайджана, в прошлом — столица Ширванского ханства и крупный центр торговли на Шёлковом пути. Суффикс -ян (в русской передаче часто -янц) — классический армянский патронимический показатель, указывающий на происхождение: «из рода Шемахинцев» или «выходец из Шемахи». То есть Шемахян в буквальном смысле — «шемахинец», «шемахинский».

В русском контексте фамилия закрепилась в XIX–XX веках, когда армянские купеческие и ремесленные семьи переселялись из Закавказья в центральные губернии Российской империи, особенно в Ростов-на-Дону, Москву и южные порты. Носители фамилии — потомки тех, кто либо родился в Шемахе, либо вёл оттуда род. Сама Шемаха славилась виноделием, ковроткачеством и шелководством, поэтому предки Шемахян могли быть купцами, ремесленниками или виноградарями.

Любопытно, что в русских документах фамилию иногда писали с двойным «н» — Шемахянн, по аналогии с другими армянскими фамилиями, чтобы подчеркнуть долготу звука. Но в современной орфографии закрепился вариант с одним «н». Фамилия редкая: она не входит в сотни самых распространённых армянских фамилий, что указывает на её чёткую региональную привязку — не всякий армянин мог назвать себя шемахинцем. Встречается также форма Шемахянц, которая ближе к исконному произношению с конечным -ц, но в России чаще пишут без него.