Скорее всего, фамилия Шемонаев восходит к крестильному мужскому имени Симон, которое в переводе с древнееврейского означает «внимающий, слушающий». Основой же для фамилии послужил один из вариантов этого имени – Шимон, точнее его диалектная форма – Шемонай. Святой Симон является автором восьми повестей о печорских иноках, писанных к его другу, печорскому иноку Поликарпу. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Шемонаев происходит от прозвища Шемонай. Оно, в свою очередь, могло быть образовано от марийского слова «шем, шеме» - «черный», либо от украинского «шеменути» - «ударить». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шемонай, со временем получил фамилию Шемонаев.