Фамилия Шимонаев является фонетическим вариантом фамилии Шиманаев. Фамилия Шиманаев образована от прозвища Шиманай. Оно ведет свое начало от тюркского прилагательного syman – «толстый, полный, дородный». Очевидно, прозвище Шиманай содержало указание на особенности внешности основателя фамилии. Следует отметить, что на Руси полнота испокон веков считалась признаком здоровья и достатка. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, в основе фамилии Шиманаев лежит имя Шиманай, производная форма мужского крестильного имени Симон (в переводе с древнееврейского – «внимающий, слушающий». Таким образом, потомок человека, которого звали Шиманай, со временем получил фамилию Шимонаев.