Фамилия Шимонина — одна из тех, где на первый взгляд очевидная основа при ближайшем рассмотрении ставит вопросы. По модели образования это типичная «материнская» фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, а значит, в основе лежит женское имя или прозвище. Мужской вариант — Шимонин.

Самый прямой путь — от имени Шимония, которое могло быть просторечной формой канонического имени Симон (в русской традиции — Симеон). В народном произношении «Симония» легко превращалось в «Шимония» из-за аканья или диалектного смягчения. Тогда Шимонина — это «жена или дочь Шимонии». Но здесь есть нюанс: имя Шимония встречается редко, чаще использовали мужскую форму Симон, от которой пошли Симонин и Шимонин.

Вторая, более вероятная версия — отчество от прозвища или мирского имени Шимона. В русских говорах «шимонить» означало «хитрить, лукавить, притворяться». Человека с таким прозвищем могли назвать Шимоной — так же, как хитреца называли Лука (от «лукавый»). В этом случае Шимонина — «вдова или дочь Шимоны». Слово «шимона» фиксируется в северных и сибирских говорах, что даёт географическую привязку: фамилия могла возникнуть в Поморье или на Урале.

Есть и редкая возможность — связь с уменьшительной формой имени Ефим (в народе — Шима). Тогда Шимонина — «принадлежащая Шиме», но это менее убедительно, так как от Ефима чаще образовывали фамилии через суффикс -ов (Ефимов, Шимов).

Спорных версий по сути нет: корень «шим-» в русских фамилиях встречается нечасто, и все варианты сводятся к личному имени или прозвищу. Самое правдоподобное — что предок носительницы фамилии был известен как Шимона, то есть человек себе на уме. Фамилия не аристократическая, а крестьянская или посадская, и её редкость говорит о локальном бытовании — скорее всего, в северных областях России.