Фамилия Шимоненко построена по распространённой в украинской ономастике модели: основа плюс суффикс -енко. Этот суффикс в XVI—XVIII веках означал «сын» или «потомок» и закрепился в основном на землях современной Центральной и Восточной Украины. Иными словами, Шимоненко — это буквально «сын Шимона», где Шимон — народная, украинская форма крестильного имени Симон (от древнееврейского «шема» — «слышащий», «услышанный Богом»). В православных святцах имя бытует как Симеон, а в польско-католической традиции, сильно влиявшей на Правобережье, — как Szymon (Шимон). Фамилия могла возникнуть в среде, где польское произношение имени смешалось с украинским патронимическим суффиксом.

Географически фамилия Шимоненко привязана к западу и центру Украины: чаще всего она встречается в Винницкой, Хмельницкой, Житомирской областях, а также на Черкасщине. Это зона, где веками пересекались украинское, польское и еврейское население, и имя Шимон было ходовым у всех трёх групп. Однако фамилия с окончанием -енко — почти наверняка украинская по происхождению: у поляков патронимы обычно оформлялись через -ович/-евич, у евреев — через -зон или -штейн.

Интересная деталь: в русских переписных книгах XVII века фамилия Шимоненко не фиксируется — её нет в традиционном великорусском ареале. Она появляется в документах значительно позже, вместе с миграцией украинских крестьян и казаков на восток, в частности на Кубань и в Слобожанщину. Поэтому если предки носителя фамилии жили, скажем, в Курской или Воронежской губернии, это почти наверняка потомки переселенцев с Украины, а не коренные жители тех мест.

Редкость фамилии в том, что имя Шимон в украинской традиции не было таким массовым, как, скажем, Иван или Петр. Соответственно, Шимоненко — фамилия нечастотная, без огромного количества однофамильцев, что делает её хорошим маркером конкретной семейной ветви. По сословной принадлежности предки Шимоненко в большинстве своём были крестьянами или казаками: фамилии на -енко в массе своей демократичны и редко указывают на дворянство.