Фамилия Шимонин — одна из тех, где за кажущейся простотой скрывается неочевидная основа. На первый взгляд она кажется образованной от имени или прозвища Шимон, и это действительно так, но с оговоркой: имя Шимон — это народная, русская форма канонического имени Симон (библейский Симеон). В русском языке имя Симон через «и» дало уменьшительные Шима, Шимоня, Шимка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шимонин, то есть сын или потомок Шимони.

Главная особенность фамилии — её звуковой облик. В ней нет оглушения или замены, характерной для южнорусских говоров (где Симона могли бы назвать Семёном). Фамилия Шимонин прочно держится за старую, церковную форму имени, что говорит о её северном или центрально-русском происхождении, где «аканье» и замена «и» на «е» были менее распространены. В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные фамилии (Шиманов, Шимонов) относятся к группе, образованной от производных форм имени Симон, минуя позднее «обрусение» в Семёна.

Спорный момент: некоторые исследователи допускают связь с еврейским именем Шимон (Шимон — вариант Симона на иврите). Однако для русской фамилии это маловероятно: у еврейских фамилий на -ин обычно иная суффиксальная модель (например, Шимонович), а Шимонин — чисто славянская патронимическая форма. Версия с прозвищем от диалектного слова «шимонить» (суетиться, шмыгать) существует, но слаба: такого глагола нет в словарях русских говоров, это скорее поздняя народная этимология.

География фамилии подтверждает её исконность. Шимонины — не редкая фамилия для Вологодской, Костромской и Архангельской областей, где имя Симон в старину было популярно. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Симон и Шимон, а их потомки естественным образом получали фамилию по отцу. Так что предки Шимониных — скорее всего, крестьяне или посадские люди Русского Севера, носившие простое имя в его древней, неадаптированной форме.

Итог: фамилия Шимонин — редкий случай, когда «неудобное» для русского уха имя сохранилось в исходном виде, не превратившись в Семёнов или Симанов. Она — маркер консервативного говора и старинной традиции имянаречения.