Фамилия Шимонов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается не славянская, а еврейская основа. Модель образования проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а корень Шимон — это вариант библейского имени Шимон, которое в русской традиции соответствует Симону. В иврите имя означает «услышанный» или «Бог услышал». Таким образом, Шимонов буквально означает «сын Шимона» или «потомок Шимона».

В отличие от фамилий, образованных от крестильного имени Симон (Симонов, Семёнов), форма Шимонов закрепилась в среде ашкеназских евреев Российской империи. В конце XIX — начале XX века, когда еврейское население обязали брать фамилии, многие выбрали патроним по имени отца или деда, прибавив русский суффикс. Именно так появились Шимоновы, а также Шиманов, Шиманский и другие однокоренные варианты.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным губерниям: Волынской, Подольской, Киевской, а также к Бессарабии. Встречается и у еврейских общин, живших на территории современной Беларуси и восточной Польши. В послереволюционные годы носители фамилии расселились по СССР, но концентрация остаётся в городах Черновицкой, Винницкой и Одесской областей.

Есть соблазн связать Шимонова с тюркским или монгольским корнем, но это маловероятно: фамилия не фиксируется у татар, башкир или народов Кавказа в сколько-нибудь заметном количестве. Единственный спорный момент — редкая возможность происхождения от прозвища Шимон, которое в некоторых русских говорах означало «разиня» или «простофиля». Однако письменные источники (например, работы А. Суперанской по истории русских фамилий) не подтверждают бытования такого прозвища в крестьянской среде, а словарь еврейских фамилий Б. Унбегауна прямо относит Шимонова к патронимам от библейского имени.

Коротко: Шимонов — типичная еврейская фамилия-патроним, образованная от имени Шимон по русской словообразовательной модели. Предки носителя, скорее всего, жили в черте оседлости и получили фамилию в XIX веке по имени отца.