Фамилия Шимонко — редкий для России пример западнославянской модели образования на -ко, которая в украинском и белорусском ареале встречается повсеместно, а в польском чаще даёт фамилии на -ек. Здесь же суффикс -ко присоединён к основе Шимон — форме имени Шимон, польского и белорусского варианта библейского имени Симон (в русской традиции — Семён). Имя Шимон пришло через католическую и униатскую традицию, где оно было распространено в Польше, Литве и на западе современной Беларуси.

Словообразовательная модель проста: Шимон + -ко. Суффикс -ко в украинских и белорусских фамилиях выполнял две функции — указывал на родство (буквально «маленький Шимон», то есть сын) и одновременно служил прозвищным окончанием, которое могло закрепиться за человеком без оттенка уменьшительности. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где основа — притяжательное прилагательное, фамилия Шимонко по строению ближе к украинским типам Гришко, Иванко, Петренко.

Географически фамилия тяготеет к западу Беларуси и востоку Польши. В России она встречается редко и, скорее всего, принадлежит потомкам переселенцев из этих регионов в XIX–XX веках. В польских источниках фамилия Szymonko (с буквой z) фиксируется в Подляшье и на Гродненщине — территориях, где этнические границы размыты, а православные и католики веками жили рядом.

Спорных версий происхождения здесь немного. Основа очевидна, и альтернативные гипотезы (например, от прозвища Шимон по профессии или внешности) не находят подтверждения: имя Шимон не было в русском крестьянском быту настолько распространено, чтобы породить прозвищный ряд. Единственный нюанс — в польском языке фамилия могла писаться через «sz» (Szymonko), и при переходе в русскую графику букву «ш» сохранили, а ударение сместили на последний слог, что типично для украинизмов. В самой Польше ударение падает на второй слог: Шимонко.

Социальный контекст фамилии — крестьянский и мещанский, без признаков дворянского происхождения. В реестрах шляхты она не встречается, что косвенно подтверждает её простонародный характер: суффикс -ко в западнорусских землях был типичен именно для непривилегированных сословий.