Основой фамилии Шемшученко послужило мирское имя Шемша. Мирское имя Шемша, скорее всего восходит к названию растения «чемша» - «терновник, колючее деревцо или куст». Давая младенцу такое имя, как Шемша, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это растение. Чередование гласных ч/ш стало результатом исторических процессов, происходивших в ходе развития языка. Не исключено, что фамилия Шемшученко происходит от казахского имени Шамши, которое в переводе на русский означает «солнце». Фамилия Шемшученко представляет собой отчество второго порядка: Шемшученко — сын Шемчука и внук Шемши. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шемшуча, со временем получил фамилию Шемшученко.