Фамилия Шенаурин — редкий случай, когда русская по форме фамилия с суффиксом -ин образована от основы, которая явно не славянского происхождения. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс, указывающий на принадлежность («чей?» — Шенаурин, то есть сын или потомок Шенаура), в остатке получаем корень Шенаур. Именно в нём и кроется ключ к происхождению.

Скорее всего, в основе лежит немецкая или еврейская (ашкеназская) фамилия или прозвище Schönauer. По-немецки schön — «красивый», а Au — «луг», «пойма». Вместе Schönauer означает либо «красивый луг», либо «житель красивого луга». В немецком языке это типичная топонимическая фамилия: так называли человека, который жил на красивом лугу или происходил из местности с названием Шёнау (таких топонимов в Германии и Австрии несколько десятков). В России, в среде немецких колонистов или еврейского населения, фамилия Schönauer при переходе в русскую среду могла потерять умлаут и получить адаптированное окончание -ин: Шенаурин.

Есть и более прозаичная, хотя и менее вероятная версия. В некоторых говорах русского севера и Сибири словом «шена» или «шенаур» могли называть нечто незначительное, плохое, испорченное (от диалектного «шенить» — портить, тратить попусту). Тогда Шенаур — прозвище нерадивого или неудачливого человека. Однако эта гипотеза слабая: диалект этот узколокальный, и фамилий на -ур в русском языке крайне мало, тогда как немецких переселенцев в России было много.

Географически фамилия Шенаурин сегодня встречается в основном в Поволжье и на Урале — как раз в регионах, где в XVIII–XIX веках существовали компактные поселения немецких колонистов. Это косвенно подтверждает первую, немецкую версию. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. Дворянских родов с такой фамилией в российских родословных книгах не зафиксировано. Таким образом, предки современных Шенауриных, по всей видимости, были людьми, чья родовая память хранит имя далёкого предка, которого когда-то называли «жителем красивого луга» на своей немецкой родине.