Фамилия Шеноев — редкая и неочевидная. Её внешний вид наводит на мысль о восточном происхождении, но суффикс -ев указывает на русскую модель образования от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или -й. Скорее всего, основа «Шено» — это адаптированная на русской почве форма какого-либо тюркского или кавказского имени.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с чеченским или ингушским именем Шено. В вайнахских языках это имя имеет значение «сладкий», «медовый» или «ласковый». Если предок носителя фамилии был выходцем с Кавказа, то при переселении в русскоязычную среду его имя Шено русифицировали, добавив типичный фамильный суффикс -ев. Так появился Шеноев — «сын Шено». Эта гипотеза подкрепляется тем, что фамилия встречается в регионах с компактным проживанием чеченцев и ингушей, а также среди потомков тех, кто переселился в центральную Россию в XIX–XX веках.

Менее распространённая версия — происхождение от прозвища Шеной, которое могло быть связано с диалектным словом. В некоторых говорах «шеня» означало «щенок», но для фамилии Шеноев это маловероятно, так как суффикс -оев плохо сочетается с такой основой. Также не стоит исключать, что фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Шеново, но документальных подтверждений этому нет.

Словообразовательная модель проста: основа Шено- плюс суффикс -ев, который в русской ономастике обозначает принадлежность («чей?» — Шеноев). Таким образом, фамилия отвечает на вопрос «чей сын?» и указывает на отца по имени или прозвищу Шено. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её маркером либо узкой локальной группы, либо конкретного рода, сохранившего память о предке.