Фамилия Шеняев — редкий пример, где внешняя ясность обманчива. На первый взгляд она похожа на типичную «отчество»: основа плюс суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Шеняев). Но с основой всё не так просто. Самый прямой путь — от уменьшительной формы имени Шеня. В русских говорах так могли называть Семёна (от Сеня через шепелявое «Сеня» → «Шеня») или, реже, Арсения. Такое «шепелявление» — не дефект речи, а живой диалектный процесс: в некоторых регионах, особенно на севере и в среднерусской полосе, звук «с» перед мягкими гласными переходил в «ш». Так Семён становился Шемёном, а Сеня — Шеней. Фамилия Шеняев, таким образом, могла означать «сын Шени», то есть потомок человека, которого в быту звали Шеней вместо Сени.

Есть и другая версия, куда более редкая и спорная. В некоторых говорах «шеня» — прозвище для человека с заметной шеей (от диалектного «шея» с тем же переходом «с» в «ш»). Но здесь возникает проблема: слово «шея» в русских говорах редко давало прозвища, а если и давало, то скорее в форме Шея, а не Шеня. Поэтому лингвисты склоняются к версии с именем Семён — она подкреплена и тем, что фамилии на -ев от имён на -я (Сеня → Сеняев, Шеня → Шеняев) встречаются в ономастике повсеместно.

Географически фамилия Шеняев — нечастый гость в общероссийских списках. Основные очаги её бытования — Центральная Россия и Поволжье, что косвенно подтверждает диалектную природу корня: именно там фиксировали переход «с» в «ш» в личных именах. В дореволюционных переписях Шеняевы встречаются среди крестьян и мещан, что типично для фамилий, образованных от деревенских уменьшительных имён без участия дворянских суффиксов (-ский, -инов). Интересно, что в некоторых архивах XIX века фамилию записывали как Шенеев — с буквой «е» в корне, что ещё раз указывает на колебания в произношении (Сеня — Шеня — Шенея). Эта вариативность — дополнительный аргумент в пользу народного, устного происхождения фамилии, а не книжного.