Фамилия Шерняев образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основе на мягкий согласный или шипящий. Это указывает на то, что в основе лежит прозвище или имя Шерняй. Вопрос в том, что значило это прозвище.

Наиболее вероятная версия отсылает к диалектному слову «шерня» или «шерняй». В русских говорах, особенно в южных и центральных областях, «шерня» — это нечто шероховатое, неровное, иногда так называли человека с грубой кожей или неопрятного. Но есть и более конкретное значение: в некоторых регионах «шерняй» — прозвище для того, кто шерстит, то есть чешет шерсть, обрабатывает её. Это могло быть профессиональным прозвищем: предок носителя фамилии занимался валянием шерсти, изготовлением войлока или обработкой овчин. Такие ремёсла были распространены в крестьянской среде, и прозвища по занятию давали часто.

Менее убедительная, но возможная версия — от тюркского корня «шер» (лев) или «шир» (молоко), но для фамилии с суффиксом -яй, характерным для русских прозвищ, тюркское происхождение выглядит натяжкой. Ономастические словари, например работы Б. Унбегауна, указывают, что фамилии с суффиксом -яй (-ей) чаще всего имеют славянскую основу и связаны с действием или качеством.

Географически фамилия Шерняев встречается нечасто, но заметна в Поволжье и Центральной России. В дореволюционных источниках носители фамилии фиксировались среди крестьян и мещан. Сословная принадлежность была преимущественно низшей, что подтверждает версию о ремесленном или прозвищном происхождении: знатные роды редко носили фамилии, образованные от таких «грубоватых» основ.

Таким образом, Шерняев — это фамилия, скорее всего, от прозвища по занятию (шерстобит, валяльщик) или по внешнему признаку. Спорных версий здесь немного, и самая правдоподобная — профессиональная.