Фамилия Шернин сравнительно редкая, и её происхождение стоит разбирать через суффикс. В основе лежит не «Шерн», а именно суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Шернин, то есть сын или потомок Шерни. Это сразу отсекает версию о связи с неким «шерном» как самостоятельным словом — такого в русском языке нет.

Само прозвище или имя Шерня — вот что требует объяснения. Самый прямой путь — от глагола «шерить» (в диалектах — тереть, скрести, драть). Тогда Шерня — человек, который дерёт, скребёт, возможно, кожевник или шорник, обрабатывающий кожу (ср. «шерсть» в значении «шероховатая поверхность» или «шершавый»). Прозвище могло закрепиться за мастером, занимавшимся выделкой кож или грубой шерсти. Версия логичная и бытовая, без натяжек.

Реже, но допустимо, что Шерня — это фонетический вариант имени Шерон (от библейского Шарон) или прозвище от тюркского «шер» (лев), но это уже экзотика: для русской фамильной модели с суффиксом -ин такое встречается, но требует доказательств переселения или контактов. Без них разумнее держаться славянского корня.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — там, где диалектное слово «шерить» было в ходу. Встречается в старых писцовых книгах Новгородской и Вологодской губерний, но массовой не стала. Если ваш предок — Шернин, скорее всего, он происходил из среды ремесленников или крестьян, чьё прозвище дали по занятию: кожевник, скорняк или просто человек с грубой, «шершавой» внешностью или характером.

Двойников по модели — фамилий на -ин от прозвищ на -ня — много: Косня (косой) → Коснин, Грязня → Грязнин. Шернин стоит в этом же ряду, и его разбор даёт ясную картину: перед нами не загадочный корень, а прозрачная профессиональная или характерологическая кличка, обросшая патронимическим суффиксом.