Фамилия Шернина — женская форма, но в её основе лежит мужская фамилия Шернин, которая образовалась по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шернин буквально значит «сын Шерни» или «человек из рода Шерни». А вот с самим прозвищем Шерня всё интереснее.

Корень здесь — шерен-, который в русских говорах имел несколько значений. В северных и сибирских диалектах «шерня» или «шерень» называли неровность, шероховатость, зазубрину на лезвии. Прозвище Шерня могли дать человеку с неровным, «колючим» характером — неуживчивому, резкому. Но есть и другая, более бытовая версия: в тех же говорах «шернить» означало «делать шершавым», «чесать лён» или «трепать шерсть». Тогда Шерня — это прозвище мастера по обработке волокна, льна или шерсти. Прядильное и ткацкое ремесло было распространено повсеместно, и прозвища по занятию давали часто.

Версия с ремеслом выглядит правдоподобнее: фамилий от названий инструментов и действий в русской ономастике много, а вот прозвища по свойству характера обычно более прямые (Злоба, Грозный). Шерня — скорее всего, прозвище того, кто «шерстил» лён или чесал шерсть, то есть крестьянина-ремесленника.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает связь с льно- и шерстеобработкой — традиционными промыслами этих регионов. Иногда её путают с фамилией Шершнёва (от шершень), но это разные корни: у Шерниной нет зоологической основы.

Таким образом, предки носительницы фамилии Шернина — скорее всего, крестьяне, занимавшиеся обработкой волокна, либо люди с «шершавым», неуступчивым нравом, но первая версия исторически весомее.