Фамилия Шернюкова — редкий случай, когда форма на -ов/-ев неочевидна. Подавляющее большинство русских фамилий с этим суффиксом образованы от мужских прозвищ или имен на согласный: Иванов, Петров, Кузнецов. Здесь же основа оканчивается на -я (Шерня), а суффикс -ков указывает на то, что исходное прозвище было Шерняк. По правилам русской грамматики, от Шерняк образуется притяжательное прилагательное Шерняков, а его женская форма — Шернюкова. То есть носительница фамилии — потомок человека по прозвищу Шерняк.

Само прозвище Шерняк, скорее всего, связано со словом «шерня» — так в диалектах русского языка называли шершавую, неровную поверхность, а также нечто грубое на ощупь. В пермских и вятских говорах «шерня» могла означать и задиристого, сварливого человека, и просто неряху. Менее вероятна, но возможна связь с украинским «шерня» — шершень: в этом случае прозвище дали бы человеку с жужжащим голосом или назойливому. В любом случае, основа прозвища — внешняя или поведенческая черта, а не профессия.

Географически фамилия Шернюкова встречается крайне редко. Основной ареал — Удмуртия и Кировская область, что подтверждает севернорусское или приуральское происхождение. В этих краях слово «шерня» в значении «шершавый» было в ходу, а фамилии на -ов/-ев здесь типичны для крестьянского сословия. Сословная принадлежность предков — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, поскольку фамилии на -ов у непривилегированных слоев закрепились в XIX веке после отмены крепостного права.

Ударение в фамилии, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Шерню́кова. Вариант с ударением на первый слог (Ше́рнюкова) возможен, но менее распространен и может указывать на местный диалектный говор. В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «ё»: в паспортах и документах она часто заменяется на «е», что создает путаницу при поиске родственников — возможны варианты Шернюкова и Шернёкова.