Фамилия Шерникова — женская форма фамилии Шерников. В её основе лежит прозвище или профессия, и здесь есть интрига: слово «шерник» в русских говорах неоднозначно. Самая прямая версия — от «шерня» или «шерник», что в некоторых диалектах означало «шерстобит», то есть мастер, который взбивал и расчёсывал шерсть для валяния или прядения. В этом случае Шерников — типичная «профессиональная» фамилия, как Кузнецов или Мельников. Суффикс -ов указывает на принадлежность: сын шерника.

Но есть и другой, более редкий вариант. В архангельских и вологодских говорах «шерник» — это не человек, а снасть: так называли особый вид невода или сети для ловли рыбы. Тогда прозвище Шерник мог получить либо рыбак, который работал такой снастью, либо человек, делавший эти сети. Обе версии ведут в северные и центральные губернии России — именно там слово «шерник» фиксируется в исторической лексике.

Словообразовательная модель простая: корень шерн(ик) + суффикс -ов. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Встречается она в основном в центральной России и Поволжье, но без массового распространения — фамилия довольно редкая. Её однокоренные «родственники» — Шершнев, Шерстобитов, Шершаков — тоже связаны либо с обработкой шерсти, либо с шероховатостью, но Шерников стоит особняком из-за узкого диалектного значения основы. Если предки были из северных деревень, велика вероятность, что они имели дело с рыболовством или валяльным ремеслом — и то, и другое было обычным промыслом в тех краях.