Фамилия Шерняева — женская форма от Шерняев, и её разбор стоит начать с неочевидного: суффикса -ев, а не -ов. В русских фамилиях -ев присоединяется к основам на мягкий согласный или на -й, и здесь это прямо указывает на исходное прозвище или имя Шерняй. Основа «шерн-» в русских говорах звучит редко и неоднозначно, поэтому у фамилии есть две основные версии происхождения, и обе заслуживают внимания.

Первая и самая прямая версия — от слова «шерень» или «шерня». В диалектах Вологодской, Архангельской и Пермской губерний «шерень» означала «шероховатость», «неровность», а в переносном смысле — «ссору, раздор». Человек мог получить прозвище Шерня за неуживчивый, «шершавый» нрав, за привычку цепляться к словам. Суффикс -яй в русских прозвищах часто указывал на деятеля или носителя признака: Шерняй — тот, кто «шернит», то есть ссорится, или же просто шероховатый, грубый человек.

Вторая версия — профессиональная, хотя и более спорная. В некоторых говорах «шернить» означало «драть кору с дерева» или «обдирать лыко». Тогда Шерняй — это человек, занятый заготовкой лыка или дранием коры для хозяйственных нужд. Прозвище могло закрепиться за ремесленником в лесных районах Русского Севера, где лыко и береста были ходовым материалом. Но эта версия слабее: глагол встречается реже, чем существительное «шерень», и не даёт такого яркого портрета носителя.

Фамилия Шерняев — редкая, с чёткой севернорусской окраской. Встречается в основном в Вологодской области и в Пермском крае, куда переселенцы с Севера принесли свои прозвища. По модели образования она близка к фамилиям Верняев, Черняев, Ширяев — все они построены от прозвищ на -яй, которые в XVI–XVII веках были обычны для крестьян и посадских людей. Сословно предки Шерняевых, скорее всего, были государственными или дворцовыми крестьянами, а не дворянами: фамилии с такой диалектной основой редко попадали в столбцы родословных книг.

Если принять первую версию за основную, то Шерняева — это «потомок того, кого прозвали Шерняй за неуживчивый, колючий характер». В русской ономастике такие «характерологические» фамилии — одни из самых древних и живых, они напрямую передают то, как в деревне видели человека.