Фамилия Шепьа — редкая и необычная для русского слуха. Скорее всего, она имеет не русское, а западноевропейское происхождение. В русском языке нет корня «шепь-» и характерной концовки «-а», которая в славянских фамилиях обычно указывает на украинское или белорусское влияние (например, Шевченко, Паливода). Если бы фамилия была исконно русской, она скорее звучала бы как Шепин или Шепьев.

Наиболее вероятная версия — это русифицированная запись французской фамилии Chepy или Chepié. В таком случае произносить её следует с ударением на последний слог: Шепьа́. Во французском языке «Chepy» может быть топонимической фамилией — от названия местечка Шепи (Chepy) во Франции, например, в департаменте Марна или Сомма. Предок носителя такой фамилии мог быть выходцем оттуда. Вторая версия — происхождение от профессионального прозвища от слова «шепа» (фр. chèpe — «черепок, осколок» или диалектное «шепа» как «стружка»), но это менее вероятно.

Менее правдоподобна, но возможна связь с итальянской фамилией Shepia или с греческим корнем. В любом случае, фамилия Шепьа — явный маркер нерусского, скорее всего, дворянского или иностранного корня, попавшего в Россию в XVIII–XIX веках через переселенцев или военную службу. Встречается она крайне редко, в основном в записях конца XIX — начала XX века, что подтверждает её элитарный или миграционный характер. Географически носители могли быть сосредоточены в столичных городах или на юге России, где оседали иностранные специалисты.