Фамилия Шепта — редкая, но прозрачная по смыслу. В её основе лежит глагол «шептать», а точнее — древнерусское прозвище Шепта. Так могли назвать человека, который говорил тихо, шепотом, либо того, кто любил сплетничать и нашёптывать. В русских говорах слово «шепта» закрепилось именно за сплетником или наушником, причём с отчётливой неодобрительной окраской. Второе, менее очевидное значение — знахарь или ворожея, потому что заговоры и заклинания традиционно произносили шёпотом.

Фамилия образована без суффикса, по так называемой «чистой» модели — прозвище перешло в фамилию в исходной форме. Это характерно для украинской и южнорусской ономастики, где подобные бессуффиксные фамилии (на -а) встречаются чаще, чем в северных областях. В русской традиции такое же происхождение имеют фамилии Шептун, Шептунов, Шепталин, но Шепта — более архаичная и редкая форма.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Встречается в Смоленской, Брянской областях, а также на Черниговщине и Полтавщине — именно там в XVII–XVIII веках активно записывали прозвища без патронимических суффиксов. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: Шепта — почти наверняка крестьянская или казацкая фамилия, возникшая в среде, где прозвище давали метко и без обиняков.

Интересная деталь: в некоторых говорах «шепта» означала не человека, а предмет — пучок травы или веник, которым обметали печной шесток. Если эта версия верна, фамилия могла принадлежать не сплетнику, а истопнику или печнику. Но основная, «человеческая» трактовка — про тихоню или шептуна-заговорщика — остаётся основной и подтверждается словарями русских народных говоров.