Фамилия Шептаева — женская форма, а мужская, Шептаев, образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс принадлежности -ев. Этот суффикс указывает на отношение к отцу: Шептаев буквально означал «сын Шептая». Сама основа — Шептай — скорее всего, прозвище, данное человеку по манере говорить. Глагол «шептать» в русских говорах имел не только прямое значение «говорить шёпотом», но и переносные: «нашептывать», «наговаривать», «клеветать» или, наоборот, «заговаривать», «лечить заговором». Поэтому Шептаем могли назвать либо тихого, неразговорчивого человека, либо того, кто промышлял знахарством и ворожбой.

В ономастике фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, она возникла в центральных или южных регионах России, где были распространены прозвища на -ай: Шептай, Болтай, Кричай. Суффикс -ай в таких прозвищах придавал оттенок деятеля — «тот, кто шепчет». Интересно, что в некоторых говорах слово «шептун» означало колдуна, а «шептать» — ворожить, так что предок носителя фамилии мог быть сельским знахарем, к которому ходили за советом или лечением.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ев от прозвищ с основой на -ай считается типичной для северо-восточных и центральных областей, но конкретная фамилия Шептаев в нём не упоминается — это редкий случай, когда прозвище не перешло в массовую фамилию. Сравните с более распространёнными Шептуновым или Шептухиным — они тоже образованы от той же смысловой основы, но с другими суффиксами. Шептаев, таким образом, сохраняет более архаичную, «живую» форму прозвища, не застывшую в отчестве.

Есть и менее вероятная версия: основа могла быть связана с тюркским корнем, например, с татарским «шептэ» — «шепот», но это лишь догадка, не подтверждённая историческими документами. В любом случае, фамилия Шептаева — не про громкие титулы или знатное происхождение, а про обычного человека, которого в деревне запомнили за его тихую речь или тайное ремесло.