Фамилия Шепаев образована от прозвища Шепай, в основе которого лежит корень украинского глагола «шепотати» в значении «шептать, говорить очень тихо». Таким образом, прозвище Шепай могло принадлежать человеку, который обладал тихим, едва слышным голосом. Также так могли называть человека, который любил шептаться, рассказывать чужие секреты. По другой версии, фамилия Шепаев представляет собой фонетический вариант фамилии Щепаев, которая происходит от прозвища Щепай. Это прозвище этимологически связано с глаголом «щепать». Щепать (или щепить) значит откалывать тонкими слоями, щепками дерево, делать лучину. Возможно, что прозвище Щепай дали человеку, занимавшемуся расщеплением лучины или мастеру, изготовлявшему корзины другие изделия из ивовых прутьев. Согласно еще одной гипотезе, фамилия Шепаев имеет тюркское происхождение и восходит к прозвищу Шепай. Основой для него могло послужить слово «шеп», которое в татарском языке означает «гвоздь», в чувашском – «хороший, красивый», а в турецком – «вечер, ночь». Поэтому можно предположить, что данное прозвище указывало либо на род деятельности предка (плотник или изготовитель гвоздей), либо на особенности его характера и внешности, либо на время рождения. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шепай, со временем получил фамилию Шепаев. Так, например, в Книгу памяти Омской области внесен Шепаев Алексей Афанасьевич, родившийся в 1881 году и проживавший в деревне Грязновка Тюкалинского уезда Омской губернии. В Книге памяти Чеченской Республики упоминается Шепаев Кудуз (р.