Фамилия Шептушкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с ремеслом или внешностью, а с манерой поведения или говором. Корень здесь очевиден — «шепт-», от глагола «шептать». Но образована фамилия не напрямую, а через промежуточную форму — прозвище Шептушка.

Суффикс «-ушк-» в русских прозвищах и фамилиях выполняет две функции. Первая — уменьшительно-ласкательная: Шептушка — это тот, кто постоянно шепчет, говорит тихо, возможно, по-заговорщицки. Вторая — ироничная, даже пренебрежительная. В говорах «шептуном» или «шептухой» нередко называли знахаря, колдуна, который заговаривал болезни шёпотом. «Шептушка» же — это либо уменьшительное от такого знахаря, либо насмешливое прозвище болтуна, разносчика слухов, который «шепчется по углам». Фамильный суффикс «-ин» стандартно указывает на принадлежность: «сын Шептушки».

Интересно, что фамилия Шептушкин почти не встречается в старых боярских списках или дворянских родословных. Её география — преимущественно центральные и южные регионы России, особенно Курская, Воронежская, Тамбовская области. Там слово «шептун» в значении «колдун» было в ходу до начала XX века. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо деревенским знахарем, которого побаивались и уважали, либо, наоборот, человеком, который любил «пошептаться» — переносить сплетни. В любом случае, прозвище дали не за молчаливость.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шептунов, Шепталов — показывает, что модель Шептушкин самая «ласкательная» по форме, что может говорить о более молодом возрасте прозвища или о том, что оно закрепилось за младшим членом семьи. В отличие от фамилии Шептунов, которая звучит более «взросло» и прямо указывает на занятие, Шептушкин словно смягчает характеристику. Это не делает фамилию менее интересной — напротив, она точно передаёт, как в русской деревне умели одним словом дать человеку пожизненную характеристику, зашитую теперь в паспорт.