Фамилия Шептыкина — женская форма фамилии Шептыкин, и её происхождение стоит искать в русском прозвищном имени, образованном от глагола «шептать». В отличие от многих фамилий на -ин, которые восходят к крестильным именам (Иван — Иванов, Ильин), Шептыкин — пример так называемой «прозвищной» модели, где суффикс -ин присоединялся к основе на -а или -я. Исходное прозвище Шептыка (или Шептык) могло означать человека, который говорит тихо, шепотом, либо того, кто постоянно сплетничает или нашептывает («шептун»). В русских говорах слово «шептыка» фиксируется именно в значении «шептун, наушник», что придаёт фамилии не самую лестную, но вполне бытовую характеристику предка.

Вероятно, основатель рода получил это прозвище за манеру речи или за склонность к тайным разговорам. Интересно, что суффикс -ык(а) в русских прозвищах встречается реже, чем -к(а) или -як(а), и часто указывает на диалектную или севернорусскую основу. Можно сравнить с фамилиями Шептунов, Шепталов, Шептаев — все они образованы от того же корня, но разными суффиксами. Шептыкин стоит особняком: форма с -ык- может быть связана с местным произношением в тверских, псковских или новгородских говорах, где «ы» и «и» в безударной позиции смешивались.

Поскольку фамилия не принадлежит к числу распространённых дворянских, а её корень — чисто бытовое прозвище, можно с уверенностью сказать, что Шептыкины — потомки крестьян или посадских людей. Сословная принадлежность здесь не прослеживается: ни один из вариантов не указывает на служилое или знатное происхождение. В документах XIX века фамилия встречается спорадически, преимущественно в центральных и северных губерниях России, что косвенно подтверждает её диалектную природу. Если искать однокоренные фамилии, стоит обратить внимание на Шептухин или Шепталин — они образованы по той же модели, но с другими суффиксами, что говорит о живой народной словообразовательной традиции, а не о книжном заимствовании.