Фамилия Шептыкита — редкий случай, когда прозвище или мирское имя «застыло» в форме родительного падежа единственного числа. Перед нами не типичная модель на -ов/-ев или -ин, а архаичная русская конструкция, отвечающая на вопрос «чей?»: Шептыкита — «(сын) Шептыкиты». То есть основа фамилии — это исходное имя или прозвище Шептыкита, которое уже само по себе звучит необычно.

Разобрать это слово можно по частям. Корень «шепт-» прямо указывает на глагол «шептать» или существительное «шёпот». Вторая часть «-кита» — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный суффикс, характерный для южнорусских и украинских говоров. Получается, что Шептыкита — это человек, которого прозвали «тихоня», «шептун» или «бормотун». В старину такие прозвища давали не только за манеру говорить, но и за скрытный, негромкий нрав. В некоторых диалектах «шептуном» называли и знахаря, заговаривающего болезни, — так что не исключено, что предок мог иметь отношение к народной медицине или ворожбе.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где суффикс -ыта/-ита встречается чаще, чем на севере. Форма на -а в именительном падеже (Шептыкита, а не Шептыкит) — ещё один признак южного или малороссийского влияния. В центральных и северных губерниях такое прозвище скорее переделали бы в Шептунов или Шепталов.

О сословной принадлежности носителей судить трудно: фамилия недворянская, не встречается в родословных книгах. Скорее всего, она закрепилась в крестьянской или мещанской среде, причём довольно поздно — в XIX веке, когда фамилии начали записывать по прозвищам без дополнительных переделок. Важно и то, что ударение, вероятно, падает на второй слог: Шепты́кита, что подтверждает активную роль суффикса.

В целом, фамилия Шептыкита — живой памятник диалектной лексики и народной антропонимии. Она не вписывается в стандартные схемы образования русских фамилий, но именно это делает её ценной для историка языка: здесь сохранилась та самая «живая» форма прозвища, которую в других случаях успели «причесать» под фамильный шаблон.