Фамилия Шептекита — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее морфологии. Это не русская фамилия в привычном понимании, а русифицированная форма молдавской или румынской фамилии, которая закрепилась на территории бывшей Бессарабии (современная Молдова и Одесская область Украины). Встречается она почти исключительно в этом регионе, что сразу указывает на её происхождение.

Основа фамилии — молдавское (румынское) слово «șepte» (семь) и «chită» (кит). Буквально «Шептекита» можно перевести как «Семь китов». Это не прозвище ремесленника или торговца, а, скорее всего, уличное прозвище, данное человеку за какую-то внешнюю особенность или поведение. Связь с мифологическим образом «мира на трёх китах» здесь маловероятна. Прозвище могло быть ироничным: так могли назвать либо очень крупного, грузного мужчину, либо, наоборот, человека, который брался за множество дел одновременно («семь дел»), но ни одно не доводил до конца.

Суффикс отсутствует — фамилия застыла в форме прозвища. В русской среде при записи в метрические книги её не стали адаптировать, добавив окончание -ов или -ев, а оставили в исходном виде, что характерно для фамилий бессарабских крестьян и мещан. По сословной принадлежности носители фамилии Шептекита — почти всегда потомки свободных крестьян или ремесленников, так как в дворянской среде Молдавии такие «говорящие» прозвища не закреплялись.

Встречаются варианты написания: Шептекит, Шептеките, но исходная форма с окончанием -а — самая распространённая. Фамилия уникальна тем, что не имеет параллелей в великорусских говорах и однозначно отсылает к молдавскому языковому субстрату.