Фамилия Шептев — одна из тех, где этимология не лежит на поверхности, а корень приходится искать в диалектах или иноязычных заимствованиях. В русской ономастике её принято связывать с глаголом «шептать», но напрямую эта связь неочевидна: от «шептать» по правилам языка образовались бы фамилии Шептун, Шептунов, Шепталов. У Шептева иная словообразовательная модель, и здесь стоит присмотреться к суффиксу.

Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ев, что указывает на отчество: «чей?» — Шептев, то есть сын Шептя. А вот имя или прозвище Шепть — редкое. В северных и сибирских говорах словом «шепть» называли шёпот, но также и шепелявого человека, картавого. В смоленских и псковских диалектах «шепеть» означало «шепелявить» или «говорить невнятно». Таким образом, первый носитель прозвища Шепть — скорее всего, человек с нечёткой речью, которого окружающие выделили по этой особенности.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых регионах «шептём» называли мелкого лесного духа, лешего или домового (по созвучию с «шишок» и «шишига»). В этом случае прозвище могли дать человеку нелюдимому, скрытному или связанному с суевериями. Однако эта гипотеза уступает первой по вероятности: прозвища по физическим недостаткам в русской среде были куда массовее, чем по мифологическим существам.

Географически фамилия Шептев не привязана к какому-то одному региону, но чаще встречается в центральных областях России и в Поволжье. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном крестьянами и мещанами, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель не разбирается отдельно, но попадает в общую группу прозвищных фамилий на -ев от основ с шипящими.

Таким образом, фамилия Шептев — это отчество от прозвища Шепть, которое получил человек с шепелявой или неразборчивой речью. Никакой связи с тайным шёпотом или заговорами в ней нет, хотя звучит она загадочнее, чем её реальное бытовое происхождение.