Фамилия Шепунова — женская форма фамилии Шепунов, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шепун. Слово «шепун» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них стало источником фамилии, нужно разобраться в контексте.

Самое прямое значение — «шептун», то есть человек, который говорит шёпотом, или, в переносном смысле, тот, кто распускает слухи, наушничает. В старину такое прозвище могли дать не только за тихий голос, но и за склонность к сплетням и тайным переговорам. Однако есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «шепуном» называли нерадивого работника, который делает дело кое-как, «шепчет», а не работает в полную силу. Третья возможная основа — глагол «шептать» в значении «нашептывать, ворожить», что могло указывать на знахаря или колдуна.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность — буквально «дочь или жена Шепуна». Фамилия не относится к числу дворянских и, скорее всего, возникла в крестьянской или мещанской среде. Географически она встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, где диалектное слово «шепун» было в ходу.

Интересно, что у фамилии есть редкий вариант — Шепуновский, который образован с помощью суффикса -ский и мог указывать на географическое происхождение от топонима вроде Шепуново. Но основная масса носителей — это именно Шепуновы, фамилия которых напрямую связана с личным прозвищем, а не с местом. Таким образом, предки современных Шепуновых, скорее всего, были либо людьми с тихим голосом и скрытным характером, либо, наоборот, теми, кто промышлял пересудами и слухами — в зависимости от того, какое значение слова было распространено в их местности.