Фамилия Шепунов образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Шепун — это основа, а окончание -ов буквально значит «сын Шепуна» или «человек из рода Шепуновых». Само прозвище Шепун в основе имеет глагол «шептать». Так в старину называли человека, который говорил тихо, шепотом, либо того, кто постоянно что-то нашёптывал — может быть, сплетника или знахаря. В русских говорах слово «шепун» фиксируется именно в значении «шептун, ворожея», что придаёт фамилии оттенок, связанный с народной магией или лечением заговорами.

Интересно, что в некоторых диалектах «шепуном» могли называть и того, кто шуршит, издаёт шелестящие звуки — например, человека в неудобной одежде или с быстрой, семенящей походкой. Но основная версия всё же лежит в области речи: прозвище давали либо по манере говорить, либо по роду занятий. В отличие от фамилий вроде Шептунов или Шепталов, здесь суффикс -ун (в форме Шепун) активнее и грубее — он часто обозначал деятеля с оттенком постоянства или привычки: «тот, кто всегда шепчет».

С географией фамилии всё довольно прозрачно: Шепуновы встречаются по всей России, но заметный след оставили на юге — в Воронежской, Ростовской областях, а также в Сибири, куда фамилия попала с переселенцами. Исторически это скорее крестьянская или мещанская фамилия: в документах XVII–XVIII веков Шепуновы упоминаются как посадские люди и однодворцы. Редкий, но характерный случай — фамилия могла возникнуть и от имени Шепун, которое было не каноническим, а мирским, данным в семье для отличия от тёзок.

Если сравнивать с однокоренными, то Шепунов стоит в одном ряду с Шептуновым, Шепталовым и Шепетухой. Но у Шепунова есть своя особенность: в отличие от «шептуна», где корень прозрачен, «шепун» звучит архаичнее и реже встречается в современных говорах, что делает фамилию более загадочной для носителя. Вряд ли предок был заговорщиком в политическом смысле — скорее, местным знахарем или просто тихим человеком, чья манера речи закрепилась в прозвище на века.