Фамилия Шепутёв — один из тех случаев, где ударение решает всё. Если читать «Шёпутов», корнем кажется «шепот», но на деле фамилия пишется через «е» и с ударением на последний слог: Шепутёв. Это меняет поиск основы.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Шепут или Шепуть. В русских говорах «шепут» (или «шепун») — не только шептун, но и человек, который говорит тихо, с хитрецой, или сплетник. В словаре Владимира Даля «шептун» имеет и второе значение — колдун, знахарь, нашёптывающий заговоры. Однако суффикс -ут- (-утя) в прозвищах часто придаёт оттенок пренебрежения или иронии: «шепут» — не просто шепчущий, а тот, кто шушукается, возможно, недоброжелатель или ябеда.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ут- (Шепут) плюс притяжательный суффикс -ёв, указывающий на принадлежность: «чей?» — Шепутёв, то есть сын или потомок Шепута. Ударение на «ё» здесь закономерно, так как суффикс -ёв в русских фамилиях почти всегда ударный, если основа заканчивается на твёрдый согласный.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: от древнерусского имени Шепута — ласкательной формы имени Шепель или Шепеляй (человек с шепелявой речью). В этом случае Шепутёв — потомок человека, которого в быту звали Шепутой из-за особенности произношения.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных регионах России и в Поволжье. В дореволюционных переписях Шепутёвы фиксировались как крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией нет, что говорит о её простонародном происхождении.

Таким образом, предок носителя фамилии Шепутёв — человек, получивший прозвище за тихую, таинственную или недобрую манеру говорить, возможно, за склонность к сплетням или знахарству. Фамилия сохранила не только звучание, но и старую модель русского прозвища с уменьшительно-пренебрежительным суффиксом.