Фамилия Шепута — редкая и неоднозначная. В ней нет типичных русских суффиксов -ов или -ин, что сразу намекает на нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами украинская, белорусская или польская фамилия, застывшая в форме прозвища. Основа «шепут» или «шепота» могла звучать как «шептун», «шепотун» — человек, который говорит шёпотом, тайком, или же сплетник, наушник. В украинском языке есть слово «шептати» — шептать, и «шептун» — знахарь, который лечил заговорами. Поэтому первая версия: предок мог быть либо тихоней, либо деревенским знахарем-шептуном.

Вторая версия, менее очевидная, отсылает к диалектным словам. В некоторых говорах «шепут» или «шепута» означало нечто шершавое, колючее, например, репейник или шелуху от семечек. В этом случае прозвище могли дать человеку с неопрятным видом, неуживчивым характером или даже с копной волос, торчащих в разные стороны. Эта версия слабее, но имеет право на существование, особенно если фамилия встречается в южнорусских или украинских регионах, где такое слово могло бытовать.

Суффикса -а в окончании не даёт нам понять, шла ли речь о мужчине или женщине. В украинской традиции фамилии на -а часто давались без изменения рода: Шепута мог быть и мужчиной, и женщиной. Позже фамилия закрепилась в мужском роде и не склонялась как типичное русское слово.

Точных исторических данных о сословии носителей фамилии Шепута нет. Скорее всего, это крестьянская или казацкая фамилия, поскольку прозвища по поведению или внешности давали именно в низших сословиях. В дворянскую среду такие основы проникали редко. Если искать географию, то фамилия встречается в основном в западных областях Украины и в Беларуси, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.

В написании фамилии возможны варианты: Шепута, Шипута, Шапута — в зависимости от местного произношения. Но исходная форма с буквой «е» — наиболее вероятная, так как она прямо связана с глаголом «шептать».