Фамилия Шапунова — женская форма фамилии Шапунов. Её основа — прозвище или нецерковное имя Шапун. В русских говорах слово «шапун» имело два основных значения. Первое — «тот, кто любит шататься без дела, повеса, баловник» (от глагола «шапать» — бродить, слоняться). Второе, более редкое, — «заика» или человек с невнятной речью (сравните с диалектным «шапать» — говорить неразборчиво). Таким образом, Шапуном могли прозвать либо бездельника, либо человека с дефектом речи.

Суффикс -ов в основе указывает на типичную модель образования русских фамилий: Шапун → Шапунов — «сын Шапуна». Фамилия не относится к числу самых распространённых, но встречается в центральных областях России, особенно в Тверской, Псковской и Новгородской губерниях — там, где были сильны северо-западные говоры с характерной лексикой.

Интересная деталь: в отличие от фамилий, образованных от названий головных уборов (Шапкин, Шапочкин), Шапунов не имеет к шапке прямого отношения. Слово «шапун» в значении «шапка» в русских говорах не зафиксировано. Это омонимичное созвучие, которое может вводить в заблуждение. Если бы фамилия происходила от шапки, она звучала бы как Шапкин или Шапочников.

Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, её носители в большинстве своём происходили из крестьянской или посадской среды. Дворянских родов с такой фамилией в истории России не отмечено. В документах XVII–XVIII веков Шапуновы встречаются среди крестьян и однодворцев — например, в переписных книгах Тверского уезда 1670-х годов упоминаются крестьяне с этой фамилией.