Фамилия Шерхонова — женская форма, а её носительницы, скорее всего, потомки мужчины по фамилии Шерхонов. В основе лежит имя или прозвище Шерхон. Чтобы понять его происхождение, нужно разобрать состав. Первая часть — «Шер» — в тюркских языках означает «лев» (от персидского через тюркское посредство). Вторая часть — «хон» — это вариант слова «хан», титул правителя или военачальника. Таким образом, Шерхон — это «лев-хан» или «царственный лев». Это необычное составное имя, которое могли дать воину или человеку с ярко выраженными лидерскими качествами.

По модели образования фамилия Шерхонов — типичная русская фамилия на -ов, которая закрепилась за тюркским именем. Такие фамилии появлялись в XVI–XVIII веках, когда русское дворянство и служилые люди тюркского происхождения (например, выходцы из Казанского, Астраханского, Сибирского ханств) переходили на русскую службу и получали фамилии по имени отца. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Шерхонов, то есть сын Шерхона.

Географически фамилия встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где исторически были сильны тюркские и татарские влияния. Встречаются варианты написания с одной «н» — Шерхонов, но форма с удвоенной «н» (Шерхоннов) маловероятна, так как в основе уже есть конечное «н» в имени Шерхон, и суффикс -ов просто добавляется к нему.

Интересно, что имя Шерхон не было широко распространено, в отличие от более частых Шер-Али или Шер-Мухаммед. Это говорит о том, что предок носителей фамилии мог быть не рядовым кочевником, а человеком с определённым статусом, возможно, военным или старшиной рода. В русских документах XVII века такие имена фиксировались у служилых татар и башкир, которые затем обрусевали. Фамилия Шерхонова — редкий пример, где сохранилось не просто тюркское слово, а целое титульное прозвище, почти не изменившееся за столетия.