Фамилия Шерки — редкий случай, когда мы почти наверняка имеем дело не с исконно русским, а с заимствованным корнем. В русской ономастике нет устоявшейся модели образования от славянских основ с таким окончанием. Если бы фамилия была русской, её естественная форма звучала бы как Шерков или Шеркин — по типу «чей?» (сын Шерка). Форма Шерки, без патронимического суффикса, указывает на то, что её принесли в русскую среду из другого языка, где слово «шерки» уже было готовой фамилией или прозвищем.

Скорее всего, корни ведут в тюркские языки. Слово «шерке» или «шерки» в ряде тюркских наречий (особенно в казахском, киргизском, татарском) означает «пёстрый», «рябой», «смешанный». Прозвище Шерке давали человеку с пёстрыми глазами разного цвета, веснушчатому или тому, чья внешность казалась неоднородной. Встречается и переносное значение — «беспокойный», «непостоянный». В этом случае фамилия Шерки — это застывшая форма тюркского прозвища, которое принесли в русские земли выходцы из Золотой Орды, казанские татары или башкиры.

Менее вероятная, но возможная версия — искажение при записи фамилии Шершавый или Шероховатый в украинском или белорусском произношении. Однако против этого говорит устойчивость формы: если бы это было местное прозвище, в документах XVII–XVIII веков скорее закрепился бы вариант Шерков.

Географически фамилия Шерки встречается точечно: в Поволжье (Татарстан, Башкирия), на Урале и в приграничных с Казахстаном областях. Это подтверждает тюркскую гипотезу. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к известным сословиям нет — перед нами типичная фамилия, которая возникла из уличного прозвища и закрепилась в крестьянской или мещанской среде.

Если ваши предки носили фамилию Шерки, с большой долей вероятности они были людьми, получившими прозвище по внешней примете — возможно, тот самый «рябой» или «пёстрый» человек, которого так запомнили в своей деревне.