Фамилия Шерунтаева — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа, скорее всего, восходит к названию реки Шерунтай (в некоторых говорах — Шерунта) в Забайкалье. Такие фамилии, образованные от гидронимов, типичны для сибирских старожилов: человека, жившего на реке Шерунтай, прозвали Шерунтаем, а его потомки стали Шерунтаевыми. Форма на -аев указывает на тюркское или монгольское происхождение самой основы (суффикс -тай в названиях рек и урочищ распространён в бурятском и эвенкийском языках, обозначая «имеющий», «обладающий»).

Менее вероятна, но возможна версия от личного имени Шерунтай. В тюркских языках «шер» может означать «лев» (через персидское заимствование), а «унтай» — «воин» или «князь», что даёт примерно «лев-воин». Однако в русской ономастике фамилии от прозвищ с таким значением почти не встречаются в чистом виде, а вот привязка к местности — обычное дело для Сибири.

Суффикс -ев в окончании типичен для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -й (Шерунтай → Шерунтаев). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Шерунта́ев, хотя в разговорной речи возможны варианты.

В сословном плане носители фамилии, вероятнее всего, были крестьянами или казаками из Забайкалья. Фамилия не дворянская, не купеческая — её нет в родословных книгах центральных губерний. Она бытовала в среде, где человека идентифицировали по месту жительства: «с речки Шерунтай». Это же объясняет её редкость — географическая привязка работала только в пределах одного уезда.

Таким образом, Шерунтаева — это «речная» фамилия, крепко сшитая с сибирским ландшафтом. Если искать корни, стоит смотреть в сторону Забайкальского края, особенно бассейна Шилки и Аргуни, где протекают малые реки с похожими названиями.