Фамилия Шержуков — не самая прозрачная для бытового понимания, но у неё есть чёткая и логичная структура. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который в данном случае указывает на принадлежность: «сын Шержука» или «из рода Шержуковых». Основа — прозвище или некалендарное имя Шержук.

Слово «шерж» или «шержа» в русских говорах имело несколько значений, и все они ведут к одному смысловому полю. В тверских и псковских диалектах «шержа» — это заноза, щепка, а также колючка, репей. В переносном смысле так могли назвать приставучего, навязчивого человека, того, кто «впивается» как репей. Есть и другая, более редкая, версия: в некоторых регионах «шерж» означало мелкую рыбёшку или малька — тогда прозвище могло относиться к невысокому или юркому человеку.

Суффикс -ук в основе Шержук типичен для западнорусских и украинских земель, но встречается и в северных говорах. Он придаёт слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок, то есть Шержук — это «маленький шерж» или «сын Шержа». Фамилия, таким образом, могла возникнуть как в среде крестьянства, где прозвища часто давали по внешним чертам или поведению, так и среди посадских людей. Географически фамилия встречается в основном в центральных и северо-западных областях России, что подтверждает диалектную природу корня.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать «шерж» с тюркскими корнями, например, с «шер» (лев) или «шербет», но это натяжка: слово имеет чёткие славянские диалектные параллели, а суффикс -ук в фамилиях тюркского происхождения почти не встречается. Правдоподобнее всего — прозвище по характеру или внешности, которое закрепилось за родом и со временем превратилось в фамилию.

Сословная принадлежность предков Шержуковых не зафиксирована в массовых источниках, но судя по модели образования (отчество от прозвища, а не от крестильного имени или профессии), это скорее всего крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не позднее XVII–XVIII веков.