Фамилия Шешокина — женская форма, мужской вариант — Шешокин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шешок, которое, скорее всего, образовано от глагола «шешить» — в русских говорах это значило «шевелиться, возиться, суетиться» или «делать что-то быстро и неаккуратно». Сравните с однокоренными словами «шешок» (ёрш, непоседа) и диалектным «шеша» (тот, кто всё время хлопочет, непоседливый человек). Таким образом, первый носитель прозвища Шешок мог быть человеком подвижным, суетливым или, наоборот, торопливым в работе.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Шешокин — «сын Шешока» или «человек из семьи Шешока». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на согласный (Иван → Иванов, но Шешок → Шешокин, так как основа на -к). Фамилия редкая, и её географическая привязка неочевидна, но можно предположить, что она севернорусского происхождения: именно в северных и сибирских говорах слово «шешить» встречается чаще всего, а суффикс -ин в этой зоне тоже преобладает над -ов.

Версия о связи с тюркским словом «шеш» (шесть) или «шешок» (какой-то предмет) маловероятна: в русской ономастике фамилии с таким корнем тяготеют к славянской глагольной основе, а не к числительным. Спорных гипотез по этой фамилии практически нет — корень прозрачный, хотя и диалектный. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Шешокин не упоминается как отдельная статья, что подтверждает её локальный и нечастотный характер.

По сословной принадлежности предки Шешокиных могли быть крестьянами или посадскими людьми — прозвища, данные по поведению, редко встречались у дворянства, которое чаще брало фамилии от географических названий или имён святых. В современных базах фамилия встречается единично, в основном в центральной России и Поволжье, что может говорить о миграции носителей на юг из северных областей.