Фамилия Шешолина — женская форма фамилии Шешолин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шешоля. Это редкая словообразовательная модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Шешоли), а корень затемнён и вызывает споры у этимологов.

Самая вероятная версия связывает Шешолю с диалектным словом «шешок» — так в некоторых русских говорах называли чурбан, обрубок дерева или небольшой клин. Прозвище Шешоля мог получить плотник, дровосек или человек коренастого, плотного телосложения. Менее убедительна гипотеза о связи с глаголом «шешить» (суетиться, ёрзать) — она плохо объясняет суффикс -ол-, характерный скорее для предметных, а не для глагольных основ.

В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются похожие фамилии: Шешелов, Шишолин, Шешуков. Все они образованы от прозвищ с корнем шеш-/шиш- и распространены преимущественно в северных и центральных уездах России — Вологодском, Костромском, Вятском. Скорее всего, предки Шешолиных были крестьянами или посадскими людьми из этих регионов.

Фамилия недворянская, не встречается в родословных книгах аристократии. Её носители — потомки простых людей, которых прозвали по внешности, занятию или повадке. В современной России фамилия редкая, но не исчезнувшая: она сохранилась в основном в Поволжье и на Урале, куда переселялись крестьяне в XVIII–XIX веках.