Фамилия Шешолко — редкая, но прозрачная по своему происхождению. В её основе лежит прозвище Шешолок, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «шешолок» — так в некоторых русских говорах называли маленький мешочек, узелок, мошну. В переносном смысле это могло быть прозвищем бережливого, запасливого человека или, наоборот, того, кто ходит с котомкой, нищего странника. Суффикс -к- в основе (Шешолок) — уменьшительный, что типично для прозвищ, описывающих внешний вид или привычку.

Фамилия образована по модели, характерной для украинской и белорусской ономастики: к основе на -о- добавляется суффикс -к- и окончание -о. Такие фамилии (типа Ковалько, Гринько) часто указывают на восточнославянское, преимущественно украинское или южнорусское происхождение. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шешо́лко.

Встречается фамилия преимущественно на территории современной Украины, особенно в Полтавской и Сумской областях, а также в приграничных районах России (Брянская, Курская области). Это подтверждает её связь с юго-западными говорами, где слово «шешолок» имело хождение. В письменных источниках XVIII–XIX веков крестьяне с такой фамилией фиксировались в ревизских сказках Черниговской и Харьковской губерний.

Редкий вариант написания — Шешолко, а не Шешолков или Шешолкин, — говорит о том, что фамилия не прошла стандартную русификацию через суффикс притяжательности (-ов). Это сохранило её первоначальный, «прозвищный» облик. Таким образом, предки носителей этой фамилии были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками, получившими своё родовое имя по характерной черте — либо по привычке носить с собой узелок, либо по скупости, либо по роду занятий, связанному с шитьём мешков. Точной этимологии с иноязычными корнями (например, из тюркских языков) не прослеживается — это исконно восточнославянское слово.