Фамилия Шешотова — женская форма фамилии Шешотов. В основе лежит прозвище Шешот, и его происхождение неочевидно. Скорее всего, оно связано с диалектным словом «шешок» — так в некоторых русских говорах называли чурбан, обрубок дерева, а также невысокого, коренастого человека. Если это так, то прозвище Шешот мог получить плотник, работавший с грубыми заготовками, или просто приземистый мужчина. Вторая версия — от глагола «шешить» (ёжиться, зябнуть, а в некоторых областях — суетиться, елозить). Тогда Шешотом могли прозвать беспокойного, суетливого человека. Третья, менее вероятная гипотеза — связь с тюркским именем Шеш (в значении «шесть»), но для фамилии, распространённой в центральных и северных русских регионах, это маловероятно.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель: Шешотов — сын Шешота. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, так как образована от прозвища, а не от календарного имени. Встречается в основном на севере и северо-востоке европейской части России — в Вологодской, Кировской, Архангельской областях, что косвенно подтверждает связь с северными говорами, где слово «шешок» было в ходу. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян Шешотовых в Тотемском и Устюжском уездах.

Однокоренных фамилий мало: Шешаков, Шешерин. Сама фамилия Шешотова — редкая, не попавшая в сотни самых распространённых, что делает её носителей обладателями необычного родового имени, прямо указывающего на прозвище предка, жившего несколько веков назад.