Фамилия Шишотова — редкий случай, когда разбор начинается с сомнения: на какой слог падает ударение? Если на второй — Шишо́това, основа восходит к диалектному глаголу «шишо́тать», то есть шептать, говорить тихо или таиться. Такое прозвище Шишо́та могли дать человеку скрытному, неразговорчивому или тому, кто шепчется за спиной. Если же ударение на первый слог — Ши́шотова, корень «шиш-» отсылает к древнему значению «острый предмет», «вершина» или «шишка» (в прямом и переносном смысле: важное лицо, начальник). В этом случае прозвище Ши́шот могло означать «острый на язык» или «задира», но не исключено и бытовое прозвище по внешности — например, человек с заметной шишкой или высокий, «шишкой» торчащий.

Модель образования простая: суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: «чей?» — Шишотова, то есть жена или дочь Шишота. Мужской вариант — Шишотов. Фамилия не дворянская и не духовная: суффикс -ов типичен для крестьянских и мещанских родов центральной России и Поволжья. Географически фамилия редкая, встречается точечно: несколько семей в Пермском крае и на юге Урала. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает любопытную деталь. Шишов, Шишаков, Шишкин — частые и хорошо изученные фамилии. А Шишотов стоит особняком: суффикс -от- в прозвищах (как в «хохот», «топот») придаёт оттенок действия или звука. Поэтому версия с глаголом «шишотать» выглядит правдоподобнее: прозвище Шишота — не про внешность, а про манеру говорить. Это объясняет и редкость фамилии: диалектное слово было локальным, не вошедшим в общерусский словарь. Так что, скорее всего, предок носительницы этой фамилии был не начальником и не задирой, а тихоней, которого прозвали за привычку шептаться или говорить себе под нос.