Фамилия Шишолова — женская форма фамилии Шишолов, и её разговорный вариант Шишолёва. В центре внимания — необычная основа «шишол-», которая сразу выделяет фамилию из ряда более привычных Шишов, Шишкин или Шишаков.

Корень «шиш-» в русских прозвищах многозначен. Самое очевидное — «шиш» как острый предмет, колючка, шип. Однако в диалектах «шишом» называли не только репейник, но и вора, мошенника, а также мелкого беса или нечистую силу. Вторая часть — «-ол-» — может быть суффиксом, образующим прозвища от глаголов (ср. «шишолить» — в некоторых говорах «шарить, рыться, воровать»). Таким образом, Шишол — человек, который «шишолит», то есть промышляет мелким воровством или беспокойным поведением. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «шишолка» (шишка, нарост) или с названием птицы — шишолкой в ряде областей называли синицу.

Словообразовательная модель проста: основа Шишол- плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов/-ев, указывающий на «сына Шишола». Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Тамбовской областях, что указывает на её исконно русское, не дворянское происхождение — скорее всего, из крестьянской или мещанской среды.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шишков, Шишаев, Шишов) показывает, что Шишолова стоит особняком: она образована не от прямого прозвища «Шиш», а от более сложного, глагольного по происхождению имени. Это говорит о том, что предок носителя фамилии получил прозвище за действие или привычку, а не за внешний признак.

В дореволюционных метрических книгах встречаются варианты написания через «е» — Шишолёва, что отражает акающее произношение. Сейчас нормативным считается написание через «о», но в быту оба варианта равноправны.