Фамилия Шишнлова — редкий случай, когда написание подсказывает произношение, но скрывает происхождение. На первый взгляд, основа «шишн-» кажется несуразной: в русском языке нет слова «шишня» или «шишень». Однако здесь работает принцип народной фонетики: фамилия почти наверняка возникла как вариант более распространённой Шишалова или Шишакова. В говорах, где «акают», безударное «а» после шипящего могло редуцироваться до неясного звука, а на письме его закрепили как «и» — так и получилось Шишнлов.

Корень здесь, скорее всего, — «шиш» или «шишка». В русских прозвищах «Шиш» означало либо озорника, вора (от древнерусского «шиш» — бродяга, разбойник), либо человека с заметной внешностью — например, с шишкой на лбу или высокого, худого («шиш» — острый верх, торчок). Суффикс «-л-» в основе (Шиш-л-ов) — редкий словообразовательный элемент, который в фамилиях часто указывает на деятеля: Шишло — тот, кто делает шиши (острые предметы) или, по другой версии, тот, кто «шишкает» (суетится, шныряет). Таким образом, Шишнлов — это «сын Шишла», а само прозвище Шишло могло закрепиться за беспокойным или невысоким человеком.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где акающие говоры и суффикс «-ов» преобладали. Встречается она редко, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды — в дворянских родословных такая фамилия не фиксируется. Если сравнивать с однокоренными: Шишков (от «шишка» — начальник, важная персона) и Шишагин (от «шишага» — черт, бес) — то Шишнлов стоит особняком: его основа утратила прямой смысл, сохранив лишь намёк на прозвище предка.

В написании фамилии возможна путаница: вариант Шишнелов (с буквой «е» в суффиксе) встречается в документах XIX века, но современная форма Шишнлова — результат упрощения, когда «е» выпало при произношении. Это типичный пример того, как живая речь перекраивает фамилию, делая её загадкой для этимолога.